한미 FTA가 발효되면서 농림수산식품부가 축산물의 품질·가격 경쟁력 제고 및 축산농가의 경영안정에 발벗고 나섰다.
농림수산식품부는 가축질병근절과 친환경 축산기반 구축 등 생산성 향상과 사료비 등 생산비 절감 뿐만 아니라 낭비 요인을 제거하는데도 적극 나서고 있다.
이를 위해 농식품부는 특히 한미 FTA 연도별 관세 감축율 만큼 생산비 절감을 추진하고 있다.
농식품부에 따르면 한육우의 경우 생산성 향상을 위해 조직화·규모화를 도모하고, 품질향상을 위해서는 조사료 생산 확대와 한우 품종개량을 강화하는 한편 비용절감을 위해 자가배합사료기(TMR)비도 지원할 계획이다. 
낙농분야에 대해서는 자동착유시설(로봇착유기)에도 자금을 지원하고, 젖소 개량으로 산유량 등 생산성 향상을 이뤄나간다는 계획이다.
돼지는 돼지열병 청정화 및 맞춤형 질병 컨설팅 지원과 종돈장 전문화·청정화 등을 통한 우수 종돈을 공급토록 하고, 해양투기 금지 정착 및 자원순한농업을 활성화시키겠다는 계획이다.
가금류분야는 질병근절과 사양관리 개선을 통해 생산성을 향상시키고, 수출품목 다양화와 병아리 이력관리 등 위생수준을 제고시켜 나갈 계획이다.